Pythagoras nun weckte in diesem ethisch geprägten musikalischen Wirken die Idee des modernen naturwissenschaftlichen Denkens, indem er die musikalischen Parameter, die bislang nur religiös, philosophisch oder künstlerisch gefaßt waren, mit Maß und Zahl zu objektivieren begann; er begann die Musik bzw. die Elemente der Musik im mathematischen und physikalischen Sinne zu messen.
Für die religiösen, philosophischen, ethischen und künstlerischen Führer jener Zeit war dies eine gewaltige revolutionäre Tat, die ihr bisheriges Weltbild auf den Kopf zu stellen drohte und so war es dann kein Zufall, daß Pythagoras in einen immer stärkeren Strudel religiöser, politischer, philosophischer und künstlerischer Anfechtung und schließlich sogar in die ideologische Verfolgung geriet der er sich ja anschickte, mit Hilfe musikwissenschaftlicher Forschungen sowie mit Hilfe von Physik und Mathematik die genannten Bereiche des Lebens: die Religion, die Ethik, die Philosophie und die Kunst in ein exaktes Wissen naturwissenschaftlicher Prägung einzufangen und damit zu entmystifizieren was natürlich auch mit einem Verlust der bisherigen Macht jener damaligen Lenker des sozialen Lebens verbunden war.
Pythagoras hatte im Mikrokosmos der Musik die naturgegebene Nahtstelle der Schöpfung zwischen der subjektiven und objektiven Welt verifiziert: zwischen unserer Innenwelt mit unseren religiösen, ethischen, moralischen, philosophischen und ideologischen Vorstellungen, aber auch mit unserem Talent, mit unseren angeborenen inneren Eigenschaften und Fähigkeiten auf der einen Seite und der rationalen Welt der Mathematik, der Physik, der Chemie und Biologie sowie der Astronomie auf der anderen Seite.
Und er wollte diesen Mikrokosmos der Musik benutzen, um die äußere und innere Welt des Menschen sowie die hieraus natürlicherweise resultierenden Wissenschaften fest miteinander zu verschweißen.
Und in seiner berühmten Schule zur Ausbildung junger Ärzte, Naturwissenschaftler und Künstler lehrte er so folgerichtig zum einen:
- das intuitive spontane innere Erfassen der naturgegebenen Harmoniegesetze des Schöpfers im Mikrokosmos der Musik des innergeistigen Vorstellungsraumes, also im Bereich der musikalischen Intuition bzw. des musikalisch-schöpferischen Denkens und Empfindens, sowie zum anderen:
- das äußerlich-empirische: das naturwissenschaftliche Erfassen der naturgegebenen Harmoniegesetze des Mikrokosmos der Musik anhand seines berühmt gewordenen „Monochords“: die mathematische und physikalische Untersuchung des Mikrokosmos der Musik und dessen harmonikalen Bezug zu anderen naturwissenschaftlichen Wissensgebieten wie der Medizin, der Biologie, der Physik und der Astronomie.
Diese umfassende Forschungs- und Lehrtätigkeit des Pythagoras galt über den Aspekt der Gesundheit hinaus der Erkenntnis eines vereinheitlichten Feldes des Lebens und der Schöpfung und somit der Entwicklung einer einheitlichen Feldtheorie, wie dies unsere moderne Wissenschaft auch anstrebt aber im Unterschied zu dieser bezog Pythagoras hierbei auch noch die bedeutenden Bereiche der Religion, der Ethik, der Psychologie, der Soziologie und der Kunst sowie der Medizin in diesen gesamten Prozeß der integrierten subjektiven und objektiven Wissensgewinnung mit ein: er verknüpfte also die geisteswissenschaftlich-intuitive und die naturwissenschaftlich-objektiv verifizierende Erkenntnisgewinnung miteinander, um so zu einer ganzheitlichen, von natürlicher Harmonie geprägten, vereinheitlichten Sicht der inneren und äußeren Welt vorzustoßen.
Auf dieser integrierten Basis wollte er die ganzheitliche systematische Entwicklung der natürlichen Menschenwürde und den Schutz des Lebens sowie der Ökologie gewährleisten.
Bevor Pythagoras jedoch ein solches natürliches System der ganzheitlichen Gesunderhaltung erarbeiten konnte, welches bei jedem Menschen gleichermaßen Anwendung finden sollte wie wir dies heute vergleichsweise mit den Tabletten versuchen , wurde seine Ausbildungsstätte zerstört, da er als zukunftsweisender Philosoph mit starker persönlicher Ausstrahlung den herrschenden Diktatoren zu gefährlich erschien.